空中交通管理体制指空中交通管理系统的组织和管理及组织制度，在空中交通管理活动的各种要素中处于主导地位，决定了空中交通管理的性质、空中交通管理活动的方向和空中交通管理活动的效率和效果。空中交通管理涉及国家领空安全、空域分类与利用、军民航协调、航线布局、流量管理等。空中交通管理的任务与性质决定，需要建立和健全结构层次清晰、职责明确、密切合作的空中交通管理体制，为统一、安全、高效的空中交通管理提供组织保障。空中交通管理体制有国家空管安全管理体制、民航安全管理体制，以及空管系统安全管理体制三个层面，需要整体设计。
空中交通管理体制模式选择
模式一：建立在国家空中交通管理政策与政治统一基础之上统一的国家空中交通管理部门，授予该部门行使政策管理与运行管理的职能，即按照国务院、中央军委确定的空中交通管制体制改革的方向，建立统一的国家空中交通管理机构。实现全国空中交通的统一管制是我国空中交通管理的最终发展目标。
模式二：建立在国家空中交通管理政策与政治统一基础上统一的国家空中交通管理协调部门，形成军民航“和谐一致”的组织体系和运行体系，实现统一和谐的军民航协调与运行机制，统一协调的国家空中交通管理发展战略和发展规划，一体化的国家空中交通管理设施设备研究开发与技术保障系统，统一健全的国家空中交通管理行业的法律法规体系。
以上两种国家空中交通管理体制模式在国际上并存，目前以第二种模式为主。国家空中交通管理体制模式选择，还取决于国际安全形式，国家性质及其政治等。国家空中交通管理体制模式改革，关键是形成统一的方针与政策，统一的空域规划与管理，统一的运行协调机制，唯一性的法规体系，适应性强的技术标准体系。重点解决的是军民航的统一、和谐问题。
民航安全管理体制模式
民用航空运输安全管理涉及民航管理部门（民航总局、地区管理局）、总局空管局、地区空管局及其空管中心（站）、航空公司、机场等多行为主体。形成包括空管在内的民航安全管理体制，重点要处理好的关系是：
关系一：理清民航总局、地区管理局、总局空管局在安全管理上的关系，即明确界定与规约民航总局、总局空管局、地区管理局在安全管理上各自的职责。规约的依据是各行为主体的本质属性，空管安全管理本质特征及其相应的要求。其中理清总局空管局和地区管理局的关系，其改革的依据是两者所履行的职责并由此所导致的属性，特别要针对不同的属性来规范两大机构的职责与权力。地区管理局作为民航总局授权（或者说受民航总局的委托）行使执行民航总局方针、政策的二级政府行政管理的机构，履行对所在地区民航系统中的航空公司、机场、空管等单位行政管理职能。
关系二：理清航空公司、机场、空管部门安全管理的关系。航空公司、机场、空管部门尽管有各自不同的职责，但各自的生产与管理活动都是围绕飞机安全飞行为第一要务而开展的。因此，各行为主体在飞机飞行过程中发生着重要的、千丝万缕的联系，形成了一个紧密的链条，需要通过规章、标准规约在相关行为主体发生关联处实行有效的配合与协调，需要通过共同建设与支持的安全管理信息系统提供安全管理的有效信息，以及需要通过资源共享，避免各行为主体追求大而全和重复建设，降低效益等。
系统内部管理体制
与运行机制改革
根据中国民航空中交通安全管理的需要，逐步构建一个层次分明、管理职责清晰的安全管理组织体系，进一步强化空管系统各级安全管理工作，形成一个包括行业管理、行业监管等在内的比较完善的安全管理实施主体。现阶段深化空管管理需要处理好的两个关系是：
关系一：理清地区空管局及其所属空管中心（站）与地方机场空管部门的关系，是民航空中交通管理体制改革的重要组成部分。保障地方机场空管部门的安全运行和协调、有序的发展，确保民航空管一体化运行的安全和正常，切实维护民航运行的系统性，是总局和地区空管局两级机关必须认真履行的职责，也是一项带有基础性和根本性的工作。地区空管局作为实施地区空管行业管理的执法职能机构，承担着本地区行业规划、实施行业管理和安全监管的责任。地区空管局所属空管中心（站）对所在机场空管部门具有安全技术支持和安全督促等作用。
关系二：理清高空管制区和中低空管制区、近进管制区、塔台管制的关系。三大区域管制中心建成投产，并伴随通用飞行的大量出现，管制区域的划分和各类飞行的运行管理机制也面临创新重组。在新的形势下，应认真研究调整民航空中交通管理和飞行监督的组织形式，逐步建成统一、高效的民航空管运行中心系统和民航飞行流量管理和控制系统。以三大区域管制中心投入运行为切入点，认真研究管制区域优化组合和管制模式的调整。从目前以行政区划为基础的划分所形成的分散的高空管制区、中低空管制区、近进管制区和塔台管制区的模式，逐步实现与国际接轨，组成大型的航路飞行管制区、繁忙地区的集中终端飞行管制区，以及随着我国通用航空的快速发展而将出现的空中交通情报服务区。
空管安全管理要素表明，空管安全管理需要组织、法规、技术、设施等支持。围绕空管安全管理相关要素，为了提高安全管理政策、法规、技术建设的先进性、科学性、有效性，可根据空管安全管理研究项目的性质和要求，比如空管安全管理技术和空管安全培训等，在全国空管系统也可在地区空管系统建立服务于项目的矩阵式组织结构。矩阵式组织结构的优点是：打破了传统的人员只受一个部门领导的原则，使安全管理系统中的纵向联系和横向联系很好地结合起来，加强了各职能部门之间的配合，及时互通，共同决策，使各项安全专业管理比较协调灵活地执行任务，从而有利于提高安全管理工作效率；将完成某项安全任务所需要的各种专业知识集中起来，有利于加速开发安全新技术等。
